PacBio和PerkinElmer子公司Covaris宣佈，已開發出聯合工作流程，用於對福爾馬林固定、包埋蠟（FFPE）組織樣本進行穩健的HiFi測序

該方案將在即將舉行的美國癌症研究協會（AOCR）年會上正式提交。該解決方案將Covaris的truXTRA FFPE提取技術與Revio系統上的PacBio的Kinnex™庫製備和測序集成，提供從樣本到測序的簡化工作流程。

FFPE樣本是最豐富且臨牀相關的生物材料來源之一，特別是在腫瘤學研究中。然而，固定引起的DNA損傷和碎片化歷來限制了它們與長讀段測序的兼容性。Covaris-PacBio組合工作流程旨在幫助應對這些挑戰，使研究人員能夠從存檔的腫瘤樣本中生成高質量的HiFi測序數據。

該工作流程利用Covaris基於自適應聚焦聲學（AFA）的truXTRAC FFPE提取方法從FFPE組織中恢復更長的DNA片段，最多可達5，000個鹼基對。PacBio的Kinnex庫製備將這些片段連接成適合HiFi測序的更長分子，提高效率和數據質量。

在針對腦、腎臟和子宮腫瘤樣本的研究中，工作流程每個樣本產生了超過1億個HiFi讀段，平均讀段長度為750- 1，500個鹼基對。該數據使得每個樣本能夠檢測到超過11，000個結構變體和超過500萬個小變體，其中約60%分階段為單倍型。相比之下，由於跨越複雜重排和重複區域的限制，FFPE組織的短讀測序通常每個樣本檢測3，000 - 7，000個結構變體，不到此處實現的產量的一半。值得注意的是，雖然短讀段方法產生了相當的小變體計數，但其較短的讀段長度通常限制了將變體直接分階段為單倍型的能力，通常需要統計推斷或專門的庫方法。因此，通過該工作流程實現的大約60%的直接定相代表了長讀HiFi測序的獨特且潛在具有臨牀意義的優勢。