PacBio和PerkinElmer子公司Covaris宣布，已开发出联合工作流程，用于对福尔马林固定、包埋蜡（FFPE）组织样本进行稳健的HiFi测序

该方案将在即将举行的美国癌症研究协会（AOCR）年会上正式提交。该解决方案将Covaris的truXTRA FFPE提取技术与Revio系统上的PacBio的Kinnex™库制备和测序集成，提供从样本到测序的简化工作流程。

FFPE样本是最丰富且临床相关的生物材料来源之一，特别是在肿瘤学研究中。然而，固定引起的DNA损伤和碎片化历来限制了它们与长读段测序的兼容性。Covaris-PacBio组合工作流程旨在帮助应对这些挑战，使研究人员能够从存档的肿瘤样本中生成高质量的HiFi测序数据。

该工作流程利用Covaris基于自适应聚焦声学（AFA）的truXTRAC FFPE提取方法从FFPE组织中恢复更长的DNA片段，最多可达5，000个碱基对。PacBio的Kinnex库制备将这些片段连接成适合HiFi测序的更长分子，提高效率和数据质量。

在针对脑、肾脏和子宫肿瘤样本的研究中，工作流程每个样本产生了超过1亿个HiFi读段，平均读段长度为750- 1，500个碱基对。该数据使得每个样本能够检测到超过11，000个结构变体和超过500万个小变体，其中约60%分阶段为单倍型。相比之下，由于跨越复杂重排和重复区域的限制，FFPE组织的短读测序通常每个样本检测3，000 - 7，000个结构变体，不到此处实现的产量的一半。值得注意的是，虽然短读段方法产生了相当的小变体计数，但其较短的读段长度通常限制了将变体直接分阶段为单倍型的能力，通常需要统计推断或专门的库方法。因此，通过该工作流程实现的大约60%的直接定相代表了长读HiFi测序的独特且潜在具有临床意义的优势。